Pada tahun 2002, usulan penunjukkan kawasan disampaikan oleh Direktorat Jenderal PHPA kepada Menteri Kehutanan. Usulan tersebut diimplementasikan menjadi penunjukkan kawasan Gunung Merbabu melalui Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 135/Menhut-II/2004 tanggal 4 Mei 2004 tentang perubahan fungsi Kawasan Hutan Lindung dan Taman Wisata Alam pada Kelompok Hutan Gunung Merbabu seluas ± 5.725 hektar menjadi Taman Nasional Gunung Merbabu. Dasar penunjukan kawasan TNGMb adalah sebagai sumber mata air bagi kehidupan masyarakat di sekitarnya, sebagai habitat flora fauna yang dilindungi, dan memiliki potensi wisata alam serta budaya yang menarik.
Peta Penunjukkan Kawasan TNGMb
Terhitung sejak tanggal 30 Desember 2005, pengelolaan taman nasional diserahkan kepada BKSDA Jawa Tengah, sementara menunggu pengelola definitif. Unit Pelaksana Teknis (UPT) Balai TNGMb baru dibentuk pada bulan Juni 2006, berdasarkan Peraturan Menteri Kehutanan No. P29/Menhut-II/2006 tentang organisasi dan tata kerja Balai Taman Nasional yang baru. Pengelola TNGMb secara definitif diatur melalui Peraturan Menteri Kehutanan Nomor P.03/ Menhut-II/2007 tanggal 1 Januari 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Taman Nasional. Melalui Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Perlindungan Hutan dan Konservasi Alam, yaitu Balai Taman Nasional Gunung Merbabu dengan tipe B yang mencakup dua seksi wilayah yaitu Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah I di Kopeng dan Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah II di Krogowanan. Dasar penunjukan kawasan TNGMb adalah merupakan sumber mata air bagi kehidupan masyarakat di sekitarnya, sebagai habitat flora fauna yang dilindungi, dan memiliki potensi wisata alam serta budaya yang menarik.
Penunjukkan kawasan ditindaklanjuti dengan penataan batas kawasan oleh Balai Pemantapan Kawasan Hutan (BPKH) Wilayah XI pada tanggal 20 Desember 2005 di wilayah Kabupaten Magelang. Selanjutnya pada tahun 2007 dilakukan tata batas sebagian wilayah Magelang dan rekonstruksi batas sebagian di Wilayah Boyolali dan Semarang. Pada tahun 2015 dilakukan rekonstruksi sebagian batas Kawasan hutan TNGMb wilayah Kabupaten Magelang, Kabupaten Semarang dan Kabupaten Boyolali dan sebagian batas Kawasan hutan wilayah Kabupaten Magelang pada tahun 2017. Orientasi sebagian batas TNGMb Kabupaten Semarang dilakukan pada tahun 2019.
Status hukum formal kawasan TNGMb diperkuat melalui penetapan kawasan berdasarkan Keputusan Menteri Kehutanan Nomor SK.3623/Menhut-VII/KUH/2014 tanggal 6 Mei 2014 tentang Penetapan Kawasan Hutan Taman Nasional Gunung Merbabu seluas 5.820,49 hektar di Kabupaten Semarang, Kabupaten Boyolali dan Kabupaten Magelang Provinsi Jawa Tengah.
Peta Penetapan Kawasan TNGMb